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測序文庫“瘦身”記:揭秘片段篩選如何讓DNA“排隊”上機?



二代測序

二代測序(NGS)是一種DNA測序技術,通過對多個小DNA片段進行平行測序來確定基因序列。而文庫構建就是將DNA或RNA樣本“加工”成適合測序儀讀取的標準化文庫。簡單來說,就像把一本厚重的書拆成碎片,再貼上統一的“條形碼”和“頁碼”,方便機器高效識別。 


建庫關鍵步驟

與一代和三代測序不同,二代測序儀對文庫片段的長度有嚴格要求(如Illumina平臺常用300-500bp)。若片段過長,測序讀長無法覆蓋;若過短,可能導致數據冗余或接頭污染。此外,片段均一性直接影響測序數據的質量和后續分析的準確性。就像快遞分揀,只有大小合適的包裹才能高效通過傳送帶,避免卡機或丟失。所以建庫實驗中,片段篩選的準確性尤為重要。


片段篩選的步驟

在建庫實驗中,一般是對接頭連接產物或者擴增產物進行片段篩選。對接頭連接產物進行篩選,可以在擴增前最大限度的去除不合格片段,提高擴增效率;對擴增產物進行篩選,是對最終文庫產物進行雙選,最大限度的保證文庫片段一致性,無論是哪種方式,都能實現文庫片段的嚴格把控。片段篩選的步驟一般包括:

1.磁珠純化:

收集全部產物,去除反應體系中多余的酶、引物等雜質;

2.雙步分選:

第一步去大片段:加入一定比例磁珠,吸附大片段DNA,保留上清中的目標小片段; 

第二步去小片段:加入不同比例磁珠,吸附目標片段,去除過小的雜質(如接頭二聚體);

3.洗脫收集:

將吸附在磁珠上的目標片段洗脫下來,用于下一步實驗。


隨著二代測序應用越來越廣泛,實驗員在進行分選實驗操作時的痛點也越來越明顯:

步驟繁瑣:需多次調整磁珠濃度,純化步驟易出錯;

樣本損失:手工操作可能導致珍貴樣本損耗(尤其微量樣本);

時間成本高:單次實驗耗時2小時以上,批量處理效率低;  

均一性依賴經驗:分選效果受操作手法影響大,新手易翻車;

睿科NGS自動化文庫構建工作站應運而生,解放雙手,實現高通量、高質量、低損耗、標準化的文庫構建。


睿科NGS系列自動化建庫儀

精準加樣

8通道移液頭,兼具單通道功能,可實現1-250μL范圍的精準移液,高效完成試劑添加、樣本混勻、樣本轉移、移除廢液等操作。


特有混勻方式

通過邊振蕩邊吹洗的方式,充分混懸磁珠,保證洗脫的穩定性,提高磁珠純化效率。

自動化程度高

包含12/20個標準盤位,整合PCR板加熱、PCR板制冷、PCR板磁吸附、PCR板振蕩、PCR儀、試劑制冷、定量等各種功能模塊,靈活適用于低/中通量建庫需求,全自動化完成各類文庫構建流程,實現標準化操作。


可視化軟件界面

軟件界面功能劃分清晰,拖拽式圖標,編程簡單易操作,可輕松適配不同品牌建庫試劑流程,儲存經驗證的各類試劑盒程序,一鍵式啟動新實驗。


安全可靠

積累多個廠家建庫流程的測試(諾唯贊、華大、KAPA、illumina、Pacbio、Nanopore),建庫結果穩定有保證;配備紫外殺毒、選配負壓過濾裝置,保障實驗人員安全。


片段篩選雖是小步驟,卻是文庫質量的“守門員”。隨著自動化技術的普及,科研人終于可以從重復勞動中解放,專注更有價值的科學問題!如果你還在手動分選DNA片段,不妨試試睿科NGS自動化文庫構建工作站,讓實驗效率飛起來~  


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